Administración del acuerdo

El órgano de decisión del TFCA es el Comité de Supervisión, que cuenta con cinco miembros: un representante del gobierno norteamericano (USAID), el gobierno de Colombia (Ministerio de Ambiente y Unidad Administrativa Especial del Sistema de Parques Nacionales Naturales), y las tres ONGs (TNC, WWF, CI). Este Comité está a cargo de la selección y seguimiento de proyectos a ser ejecutados con los aportes del TFCA, que llegará a generar alrededor de $10 millones de dólares para la conservación de bosques en un período de 12 años.

En Agosto de 2004, el Fondo Para la Acción Ambiental y la Niñez (EL FONDO) fue designado administrador del TFCA.